在PCR儀上完成一個PCR反應所需要的時間決定于以下幾個因素：
1、模塊升溫和降溫時間
2、模塊與PCR管內溫度平衡時間
3、延伸時間
4、循環次數
下面就以上幾點做一點分析，以便大家了解快速PCR技術與快速PCR儀的區別。
1、模塊升溫和降溫度時間
PCR儀一般會標明升溫速度和降溫速度，但標的大多是大變溫速度，也就是說是瞬間達到的速度。而與實驗相關的平均升降溫速度只有極少量廠家標明。以平均2度和4度（能做到平均升降溫4度的儀器極少）來計算，從95度降到55度，分別是20秒和10秒，每一個循環差20秒鐘。以一般35個循環來計算，影響實驗時間700秒，也就是不到12分鐘。實際還要考慮過沖問題，影響時間還會少些。
2、模塊與PCR管內溫度平衡時間
模塊溫度達到后，PCR管內的溫度遠沒有達到（塑料和水的導熱系數比鋁塊差300倍以上），需要時間來使二者達到平衡。一般有四種辦法來減少這一時間，一是讓模塊溫度過沖，在管內溫度快達到時降到目標溫度，但太高的過沖可能造成實際溫度過沖，影響PCR反應結果；二是減少PCR反應液的體積，但體積變小時PCR反應的可靠性會降低；三是降低PCR管的厚度，但太薄時強度不夠；四是增加PCR管與模塊貼附程度。
3、延伸時間
延伸時間與PCR產物的長度和DNA聚合酶的合成速度有關。如果PCR產物長度少于100bp時，可能考慮將延伸時間變為0（即兩步法）；采用高速的DNA聚合酶也是常用的方法，但并不是所有PCR實驗都可以用高速的DNA聚合酶。
4、循環次數
循環次數與模板量及檢測要求相關。
所謂快速PCR技術是將快速PCR儀與*薄管（或特殊貼附技術）以及高速DNA聚合酶等技術整合在一起，可達到較短時間完成PCR反應。而一些廠家在向用戶推PCR儀時，不去說明快速PCR技術，只強調PCR儀速度快（大都用大升降溫速度來HuYou用戶）。好像買了快速PCR儀后，原來1個半小時的擴增時間變會縮短成半小時似的。而用戶采購了快速PCR儀后才發現并不那么回事。有不少用戶采用快速模式根本就做不出好的實驗結果。特別是進行多重PCR擴增的用戶，如安系統用于身份鑒定的試劑。
快速PCR技術與快速PCR儀是兩回事。快速PCR儀多只能縮短PCR反應時間10分鐘左右，要實現真正的快速PCR反應，還需要其他一些努力。大多數用戶根本就不需要快速PCR技術。
