生物安全柜分類有三種： 生物安全柜、二級生物安全柜和三級生物安全柜。
生物安全柜
生物安全柜是市面上所見的設計較為簡單，較為基本的一類生物安全柜。微生物操作時產生的氣溶膠混合外界空氣進入安全柜，經過濾系統將粉塵顆粒或是感染因子過濾，較為后將干凈無污染的氣體排到外界環境中。過濾系統通常包含預過濾器和HEPA（空氣過濾）過濾器。
雖然 安全生物柜能夠確保操作人員和環境免受危害，但是它不能確保實驗中使用的樣品不會被實驗室內的空氣所污染。當然，也不能*排除交叉感染的可能性。因此， 生物柜的使用范圍極為有限，而且此類生物安全柜已經落后于現代生物安全水平的防護需要。
所有 生物安全柜都可以對達到生物安全水平一，二，三級的微生物因子操作中使用。
二級生物安全柜
同 生物安全柜一樣，氣體也是從外部流入二級生物安全柜，通常稱為進流。進流能夠防止微生物操作時產生的氣溶膠從安全柜前面操作窗口逃逸到實驗室內。然而，它們不同于 生物安全柜之處為，只讓經HEPA過濾的（無菌的）空氣流過工作臺面。內置風機將空氣經前面的開口引入安全柜內并進入前面的進風格柵。因此沒有經過過濾器過濾的空氣不會直接進入工作區，從而保護安全柜內部存放的樣品和儀器不被外界空氣所污染。
二級生物安全柜的一個*特征就是由垂直層狀薄片的（無定向的）HEPA過濾器過濾后，再安全柜內部形成向下流動的氣流。氣流不斷地沖能可產生空氣傳播感染的安全柜內部，從而避面存放在柜體內的樣品受到感染。這樣的氣流被稱作下沉氣流。
不同型號的二級生物安全柜的主要區別在于：排氣的比例以及氣體經過空氣高壓再循環的比例不同。另外，不同的二級生物安全柜具有不同的排氣方式：有的安全柜將空氣過濾后直接排到室內，有的是通過連接到通風管道上的套管或通過建筑物的排風系統排到建筑物外面。
除了以上所提及的不同之外，所有的二級生物安全柜同1級生物安全柜一樣，能夠保護操作人員和實驗室環境免受危害。另外，二級安全柜也能夠保護產品樣本在微生物操作過程中免受污染。二級生物安全柜可以在一，二，三級生物安全水平的生物因子操作中使用。
三級生物安全柜
三級生物安全柜提供 ，二級安全柜無法提供的安全保障。所有三級生物安全柜都是焊接金屬構造，并且采用*密閉設計。實驗操作*通過前窗的手套進行。在日常操作過程中，安全柜內部將一直保持負壓狀態。即使在物理防污染系統出現故障的情況下，它也能提供安全保障。
所有三級生物安全柜經HEPA過濾器過濾后的潔凈空氣提供產品保護，并且防止樣品交叉污染的情況出現。廢氣通常經由HEPA過濾。或者將兩個HEPA過濾器并排使用。實驗所需的物品同過安置在安全柜側面的隔離通道送進柜內。三級安全柜通常直接將廢氣排到實驗室。然而，空氣也可以通過外接的排氣管道直接排到外界環境。當使用排氣管道系統的時候，三級安全柜也適用于在試驗中需要添加有毒化學品的微生物操作。
所有三級生物安全柜都可在涉及一，二，三，四級生物安全水平的微生物因子實驗中使用。尤其適用于產生致命因子的生物試驗。
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